Ngày 28/3/2024, Cục Thuế TP Hà Nội đã ban hành Kết luận thanh tra thuế 15846/KL-CTHN-TTKT5 ngày 28/3/2024 và Quyết định xử lý vi phạm hành chính về thuế số 15847/QĐ-CTHN-TTKT5 ngày 28/3/2024 của Cục Thuế TP Hà Nội đối với Công ty TNHH Nissan Automotive Technology Việt Nam truy thu và phạt vi phạm hành chính đối với các nội dung khác (Không bao gồm nội dung ưu đãi thuế TNDN năm 2019, 2020).

Trước đó, ngày 15/3/2024, Đoàn thanh tra đã tiến hành lập biên bản thanh tra đối Công ty TNHH Nissan Automotive Technology Việt Nam. Tại biên bản thanh tra ngày 15/03/2024, Đoàn Thanh tra tạm thời ghi nhận nội dung Công ty TNHH Nissan Automotive Technology Việt Nam kê khai hưởng ưu đãi thuế TNDN năm 2019, 2020 theo giấy phép đầu tư lần đầu số 99/GP-HN ngày 26/6/2001 do UBND TP Hà Nội cấp và cam kết của công ty tại công văn số AC- NTV/2023-12, ngày 30/11/2023 để báo cáo Tổng Cục Thuế hướng dẫn vướng mắc về ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp đang được ưu đãi về tỷ lệ xuất khẩu mà bị chấm dứt ưu đãi theo cam kết WTO kể từ ngày 01/01/2012.

Đến ngày 19/4/2024, Cục Thuế TP Hà Nội đã ban hành công văn số 22277/CTHN-TTKT5 báo cáo vướng mắc, xin ý kiến Tổng cục Thuế về việc xác định ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2019, 2020 đối với Công ty TNHH Nissan Automotive Technology Việt Nam.

Căn cứ công văn trả lời số 3086/TCT-CS ngày 18/7/2024 của Tổng cục Thuế trả lời công văn số 22277/CTHN-TTKT5 của Cục Thuế TP Hà Nội về việc xác định ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với Công ty TNHH Nissan Automotive Technology Việt Nam.

Ngày 13/2/2025, Cục Thuế thành phố Hà Nội sửa đổi, bổ sung Kết luận thanh tra thuế số 15846/KL-CTHN-TKT5 ngày 28/3/2024 đối với Công ty TNHH Nissan Automotive Technology Việt Nam.

Thứ nhất, bổ sung các hành vi vi phạm hành chính về thuế TNDN. Cụ thể, trong thời kỳ thanh tra từ năm 2019 -2020, Công ty TNHH Nissan Automotive Technology Việt Nam đã xác định thu nhập từ hoạt động thực hiện các công việc thiết kế và lập bản vẽ bằng phương pháp sử dụng các chương trình phần mềm hỗ trợ thiết kế như CAD và EWS được thuê, mua từ công ty mẹ, các công ty trong tập đoàn và các công ty bên thứ ba là thu nhập từ hoạt động sản xuất phần mềm, dịch vụ phần mềm là không đúng theo quy định tại Nghị định 71/2007/NĐ-CP ngày 03/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thực hiện một số điều của Luật công nghệ thông tin về công nghiệp công nghệ thông tin. Do đó, công ty xác định chưa đúng đối tượng, thu nhập được hưởng ưu đãi theo Thông tư 199/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ về việc chuyển đổi ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện ưu đãi về tỷ lệ xuất khẩu mà bị chấm dứt ưu đãi theo cam kết WTO.

Thứ hai, đoàn thanh tra xác định số liệu tăng bổ sung là 48,8 tỷ đồng, trong đó, thuế TNDN năm 2019 là 28,7 tỷ đồng, thuế TNDN năm 2020 là 20,08 tỷ đồng.

Cùng với đó, phạt về hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp, tăng số tiền thuế được hoàn, số tiền: 9,7 tỷ đồng; tiền chậm nộp tiền thuế thu nhập doanh nghiệp bổ sung năm 2019, 2020 số tiền là: 21,2 tỷ đồng.

Tổng số tiền truy thu, tiền phạt và tiền chậm nộp bổ sung là 79,8 tỷ đồng.

Theo thông tin từ website công ty, Nissan Automotive Technology Việt Nam được thành lập từ tháng 6/2001, hiện nay đại diện pháp luật là ông Hirohisa Kabuto (Quốc tịch Nhật Bản). Vốn đầu tư là 3 triệu USD, chủ doanh nghiệp là Công ty Nissan Automotive Technology trụ sở chính tại Nhật Bản.

Ngành nghề kinh doanh chính là Thiết kế lập bản vẽ kỹ thuật các bộ phận trong ô tô, thử nghiệm kiểm tra phụ tùng ô tô, … tính đến tháng 4/2024 công ty có hơn 2.700 người lao động.