Theo Thuế Khánh Hòa, đối tượng áp dụng gồm: doanh nghiệp đăng ký theo Luật Doanh nghiệp; chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh hoặc đơn vị phụ thuộc thuộc diện liên thông với cơ quan đăng ký kinh doanh; đang bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký và không có nhu cầu tiếp tục hoạt động.
Mục tiêu xử lý là hoàn thành nghĩa vụ thuế, nhận xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế để nộp hồ sơ giải thể, chấm dứt hoạt động tại cơ quan đăng ký kinh doanh. Sau khi hoàn tất, doanh nghiệp được cập nhật trạng thái pháp lý “đã giải thể/đã chấm dứt hoạt động” và trạng thái mã số thuế tương ứng.
Bước 1. Rà soát trạng thái MST và xác định rõ mục tiêu xử lý; Chuẩn bị căn cứ pháp lý về việc giải thể/chấm dứt hoạt động
Doanh nghiệp tra cứu trạng thái mã số thuế có đang ở trạng thái “không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký” hay không; xác định rõ mục tiêu là giải thể/chấm dứt hoạt động.
Rà soát thông tin người đại diện theo pháp luật, người được ủy quyền, địa chỉ liên hệ, số điện thoại, email, tài khoản giao dịch thuế điện tử để bảo đảm cơ quan thuế có thể liên hệ trong quá trình xử lý.
Hồ sơ/tài liệu cần chuẩn bị, hoàn thiện trước khi làm việc với cơ quan thuế: Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp/Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động đơn vị phụ thuộc; giấy ủy quyền nếu người làm việc không phải là người đại diện theo pháp luật; Nghị quyết/quyết định giải thể hoặc quyết định/thông báo chấm dứt hoạt động đơn vị phụ thuộc theo đúng thẩm quyền và các giấy tờ khác có liên quan.
Lưu ý: Trường hợp doanh nghiệp có các đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh hoặc mã số thuế nộp thay, doanh nghiệp phải hoàn tất thủ tục chấm dứt hiệu lực MST cho toàn bộ đơn vị phụ thuộc/mã số thuế nộp thay trước khi thực hiện chấm dứt hiệu lực MST của doanh nghiệp chủ quản (Theo Điều 13, Điều 14 Thông tư 90/2026/TT-BTC).
Bước 2. Nộp hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế tại cơ quan thuế
Doanh nghiệp nộp Văn bản đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo Mẫu số 24/ĐKT (ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC) đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp (qua Cổng thông tin điện tử của ngành Thuế, Cổng Dịch vụ công Quốc gia hoặc nộp trực tiếp).
Trường hợp có sự thay đổi về địa chỉ trụ sở hoặc các thông tin đăng ký thuế khác mà đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền chấp thuận, người nộp thuế phải nộp kèm theo hồ sơ thay đổi thông tin theo quy định.
Bước 3. Hoàn thiện hồ sơ khai thuế, quyết toán thuế, hóa đơn và nghĩa vụ với cơ quan thuế
(1) Cơ quan thuế lập danh sách nghĩa vụ phải hoàn thiện và thông báo cho người nộp thuế
Cơ quan thuế tiếp nhận đủ hồ sơ, lập danh sách và thông báo cho doanh nghiệp về các hồ sơ khai thuế còn thiếu, tình hình sử dụng hoá đơn, số tiền thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước phải nộp hoặc còn nợ và thực hiện xử phạt đối với các hành vi vi phạm pháp luật về thuế, hoá đơn tính đến thời điểm người nộp thuế nộp hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo quy định.
(2) Người nộp thuế nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế, hồ sơ quyết toán thuế đến thời điểm giải thể/chấm dứt hoạt động, báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn (nếu có) và chấp hành các quyết định xử phạt
- Doanh nghiệp nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế, khai quyết toán thuế còn thiếu (lưu ý nộp tất cả hồ sơ khai thuế của tất cả sắc thuế cùng 01 ngày để giảm thiểu mức xử phạt vi phạm hành chính về việc chậm nộp hồ sơ khai thuế); báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn (nếu thuộc diện) và chấp hành đầy đủ các hành vi vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn, nộp đầy đủ số tiền thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước phải nộp hoặc còn nợ để cơ quan thuế cập nhật trạng thái hồ sơ chờ chấm dứt hiệu lực mã số thuế trên hệ thống ứng dụng đăng ký thuế.
(3) Cơ quan thuế xác nhận nghĩa vụ với cơ quan hải quan
- Cơ quan thuế phối hợp với cơ quan hải quan để xác định người nộp thuế đã hoàn thành nghĩa vụ liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu hay chưa (nếu có phát sinh hoạt động xuất nhập khẩu).
Lưu ý: Việc xác nhận với cơ quan hải quan là trách nhiệm phối hợp giữa cơ quan nhà nước của cơ quan thuế với cơ quan hải quan; tuy nhiên doanh nghiệp cần chủ động rà soát tờ khai hải quan, thuế xuất nhập khẩu, tiền chậm nộp, tiền phạt, khoản nợ hoặc vướng mắc còn tồn tại để xử lý sớm.
- Trường hợp còn nghĩa vụ thuế với cơ quan hải quan chưa hoàn thành, cơ quan thuế chưa đủ căn cứ xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế cho mục đích giải thể.
(4) Phối hợp kiểm tra, quyết toán, xác định và thanh toán nghĩa vụ thuế
- Cơ quan thuế rà soát, phân loại hồ sơ để xác định việc kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế hay kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo mức độ rủi ro, lịch sử tuân thủ, tình trạng hóa đơn, kê khai và nghĩa vụ thuế.
- Doanh nghiệp chuẩn bị sổ sách kế toán, hóa đơn, chứng từ... và tài liệu giải trình theo yêu cầu của cơ quan thuế; chấp hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế (nếu thuộc diện).
- Trường hợp cơ quan thuế yêu cầu bổ sung, giải trình, doanh nghiệp cần phản hồi, cung cấp tài liệu/giải trình đúng thời hạn, đúng nội dung để cơ quan thuế có đủ căn cứ xác định nghĩa vụ thuế.
Lưu ý: Trường hợp chưa rõ căn cứ, phạm vi hoặc hình thức tài liệu cần cung cấp, người nộp thuế có thể đề nghị cơ quan thuế nêu rõ nội dung yêu cầu để cung cấp đúng, đủ và kịp thời theo quy định.
(5) Cơ quan thuế xác định nghĩa vụ còn phải nộp, nộp thừa và số thuế GTGT chưa khấu trừ
- Cơ quan thuế xác định số thuế phải nộp, nợ thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, số thuế nộp thừa, số thuế GTGT chưa được khấu trừ và nghĩa vụ của mã số thuế nộp thay nếu có.
- Doanh nghiệp nộp đủ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; đồng thời lập hồ sơ xử lý nộp thừa, hoàn trả, bù trừ hoặc hoàn trả kiêm bù trừ nếu đủ điều kiện.
- Trường hợp có đơn vị phụ thuộc hoặc mã số thuế nộp thay còn nghĩa vụ, doanh nghiệp phải xử lý dứt điểm hoặc thực hiện thủ tục chuyển/kế thừa nghĩa vụ theo quy định trước khi được xác nhận hoàn thành.
Bước 4. Theo dõi kết quả xử lý của cơ quan thuế
Sau khi doanh nghiệp hoàn thành toàn bộ nghĩa vụ, cơ quan thuế ban hành Thông báo 28/TB-ĐKT (thông tư 90/2026/TT-BTC) về việc người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế để doanh nghiệp tiếp tục nộp hồ sơ giải thể/chấm dứt hoạt động đến cơ quan đăng ký kinh doanh.
- Cơ quan thuế đồng thời phản hồi thông tin hoàn thành nghĩa vụ thuế sang cơ quan đăng ký kinh doanh theo cơ chế liên thông khi nhận được yêu cầu xác nhận từ phía cơ quan đăng ký kinh doanh.
Bước 5. Nộp hồ sơ giải thể/chấm dứt hoạt động tại cơ quan đăng ký kinh doanh
- Sau khi đã thanh toán hết các khoản nợ và hoàn thành nghĩa vụ thuế, trong thời hạn 05 ngày làm việc, doanh nghiệp gửi hồ sơ đăng ký giải thể doanh nghiệp đến cơ quan đăng ký kinh doanh cấp tỉnh nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính.
- Hồ sơ đăng ký giải thể thực hiện theo quy định pháp luật doanh nghiệp. Tài liệu kèm theo thường bao gồm: thông báo về việc người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ thuế (Mẫu số 28/TB-ĐKT), thông báo giải thể doanh nghiệp; báo cáo thanh lý tài sản; danh sách chủ nợ và số nợ đã thanh toán, bao gồm nợ thuế, nợ bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp cho người lao động và khoản nợ khác nếu có; tài liệu khác theo thủ tục hành chính đang áp dụng.
- Doanh nghiệp theo dõi tình trạng xử lý hồ sơ trên Cổng thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp để phối hợp khi được cơ quan đăng ký kinh doanh yêu cầu.
Bước 6. Theo dõi kết quả cuối cùng trên cả hệ thống đăng ký kinh doanh và hệ thống thuế
- Sau khi tiếp nhận hồ sơ đăng ký giải thể chính thức, cơ quan đăng ký kinh doanh gửi thông tin cho cơ quan thuế để lấy ý kiến về việc hoàn thành nghĩa vụ thuế.
- Trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày nhận thông tin, cơ quan thuế gửi ý kiến về việc doanh nghiệp đã hoàn thành hoặc chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế.
- Cơ quan đăng ký kinh doanh chuyển tình trạng pháp lý của doanh nghiệp sang “đã giải thể” sau khi có xác nhận từ phía cơ quan thuế về việc đã hoàn thành nghĩa vụ thuế; đồng thời đăng tải thông báo giải thể.
- Cơ quan thuế cập nhật trạng thái mã số thuế về trạng thái 01 – người nộp thuế ngừng hoạt động và đã hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế.
An Nhiên
