Theo đó, kết luận thanh tra chỉ ra việc thực hiện tái cơ cấu, trọng tâm là cổ phần hóa, thoái vốn doanh nghiệp thuộc Bộ Công Thương giai đoạn 2011 - 2017 đã được chú trọng. Tuy nhiên, quá trình này diễn ra chưa kịp thời, toàn diện, chưa khắc phục được tình trạng một số doanh nghiệp hoạt động kém hiệu quả, một số dự án đầu tư lớn trì trệ, chậm tiến độ, thua lỗ. 

Theo đó, giai đoạn này, Bộ Công Thương đã cổ phần hóa, chuyển đổi 13 doanh nghiệp nhà nước thành công ty cổ phần, tương đương 65% số doanh nghiệp phải cổ phần hóa. Các doanh nghiệp sau cổ phần đã tập trung vào lĩnh vực sản xuất kinh doanh chính, thoái vốn hầu hết khoản đầu tư ngoài ngành.

Đối với việc xử lý tài chính, xác định giá trị doanh nghiệp, cơ quan thanh tra xác định tại Tổng công ty Thép Việt Nam (VNSteel), việc phê duyệt giá trị doanh nghiệp có một số nội dung là không đúng.

Ví dụ, việc xác định tỉ lệ phần trăm chất lượng còn lại của 127 máy móc thiết bị của Thép miền Nam và Thép tấm lá Phú Mỹ là không đúng, nên xác định giá trị tài sản không đúng, thiếu 344,7 tỷ đồng. Hay việc xác định giá trị hai thửa đất tại Hà Nội và Tp.HCM là 313,9 tỷ đồng, nhưng VNSteel chưa hoàn thành thủ tục để nộp ngân sách khi thực hiện cổ phần hóa.

Tại Tập đoàn Dầu khí quốc gia Việt Nam (PVN) khi xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa Công ty cổ phần Phân bón dầu khí Cà Mau (PVCFC) sai công thức. Dẫn tới giá trị thực tế phần vốn nhà nước để cổ phần hóa doanh nghiệp này thiếu hơn 261 tỷ đồng, cùng với khoản lãi chênh lệch tỉ giá 79,8 tỷ đồng chưa được xử lý.

Đối với Công ty cổ phần Lọc hóa dầu Bình Sơn (BSR), việc áp dụng tỉ lệ trích tối đa (10%) quỹ khoa học công nghệ/thuế thu nhập doanh nghiệp là thiếu cơ sở, vượt tỉ lệ tối thiểu. Do đó, số tiền trích vượt 381,3 tỷ đồng, nên BSR xác định thiếu lợi nhuận sau thuế phải nộp về PVN là 362,3 tỷ đồng, thiếu thuế thu nhập doanh nghiệp là 19 tỷ đồng.

Còn Tổng Công ty Máy động lực và Máy nông nghiệp Việt Nam (VEAM), Thanh tra Chính phủ chỉ ra việc Bộ Công Thương phê duyệt giá trị doanh nghiệp cổ phần hóa gồm hai khoản đầu tư góp vốn tại Matexim Hà Nội và Disoco không đúng thời điểm đã làm giảm giá trị doanh nghiệp. Việc xác định giá trị doanh nghiệp cũng chưa đối chiếu đầy đủ các khoản công nợ phải thu, phải trả lên tới hàng nghìn tỷ đồng.

Trường hợp của Công ty Cổ phần Fococev Việt Nam (đơn vị chuyên cung ứng tinh bột sắn, có trụ sở tại Tp.HCM) được xác định có vi phạm khi xử lý tài chính với khoản nợ phải thu quá hạn không có khả năng thu hồi. Thời điểm chuyển sang công ty cổ phần (tháng 5/2016), số nợ không xác định vào giá trị doanh nghiệp khoảng 1.176 tỷ đồng.

Bộ Công Thương cũng chưa xử lý 791.610 m2 nhà đất thuộc sở hữu Nhà nước tại Fococev. Việc sắp xếp, xử lý nhà đất thuộc sở hữu Nhà nước của doanh nghiệp này ở Đà Nẵng, Khánh Hòa, Quảng Ngãi, Gia Lai, Đắk Lắk cũng thực hiện không đúng quy định, dẫn tới nguy cơ thất thoát, lãng phí đất của nhà nước.

Ngoài ra là những tồn tại trong việc bán cổ phần, lựa chọn nhà đầu tư chiến lược đều không đạt tỉ lệ theo phương án được phê duyệt, không chọn được nhà đầu tư chiến lược. Bao gồm các công ty như EVNGENCO3, Tổng công ty Máy và Thiết bị công nghiệp - CTCP (MIE), VEAM...

Việc thu nộp tiền cổ phần, quyết toán cổ phần hóa ở một số doanh nghiệp chưa hoàn thành, sai quy định như tại VNSteel, PVCFC, VEAM... Hầu hết các doanh nghiệp trên cũng chưa thực hiện thoái vốn theo đúng quy định.

Trên cơ sở đó, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo các bộ ngành, đơn vị liên quan xử lý về kinh tế. Cụ thể, tổng giá trị phát hiện cần kiến nghị xử lý lên tới hơn 2.338 tỷ đồng. 

Cơ quan thanh tra cũng kiến nghị chuyển thông tin vụ việc vi phạm sang cơ quan điều tra Bộ Công an liên quan đến quản lý, sử dụng đất đai của Fococev tại Khánh Hòa, Đắk Lắk. Bộ Công Thương, Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp, Bộ Tài chính và các địa phương liên quan thực hiện kiểm điểm và chỉ đạo xem xét kiểm điểm trách nhiệm liên quan đến các khuyết điểm, vi phạm tại kết luận thanh tra tái cơ cấu doanh nghiệp.