Tại dự thảo Luật Thuế Giá trị gia tăng (VAT) (sửa đổi), Bộ Tài chính đề xuất bổ sung, sửa đổi khoản 1 điều 12 theo hướng, số thuế VAT phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên VAT bằng VAT nhân với thuế suất thuế VAT áp dụng đối với hoạt động mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý. VAT của vàng, bạc, đá quý được xác định bằng giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý bán ra trừ giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý mua vào tương ứng.

Trường hợp cơ sở kinh doanh có hoạt động mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng hoạt động này để nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên VAT.

Tỉnh Quảng Nam đề xuất áp dụng phương pháp tính thuế VAT theo tỷ lệ % trên doanh thu đối với doanh nghiệp có hoạt động mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý.

Đồng thời quy định mức tỷ lệ (%) trên doanh thu riêng đối với hoạt động kinh doanh mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý (không áp dụng tỷ lệ của các hoạt động kinh doanh thương mại, dịch vụ).

Theo tỉnh Quảng Nam, hiện nay mặt hàng vàng, bạc, đá quý là loại hàng hóa đặc biệt vừa là hàng hóa, vừa là phương tiện thanh toán; rất khó kiểm soát giá. Các giao dịch mua bán vàng bạc, đá quý thường là các giao dịch nhỏ lẻ, không có đủ hóa đơn, chứng từ đầu vào. Đồng thời VAT của vàng, bạc, đá quý giữa giá thanh toán bán ra với giá thanh toán mua vào tại một thời điểm mức chênh lệch không cao. Vì vậy, áp dụng phương pháp trực tiếp trên VAT thì khó quản lý, dẫn đến thất thu ngân sách nhà nước.

Trong khi đó, TP Cần Thơ kiến nghị nên quy định tính thuế đối với lĩnh vực này  theo phương pháp trực tiếp theo doanh thu, hoặc theo phương pháp khoán thuế quy định tại Luật Quản lý thuế.

Lý giải về đề xuất này, TP Cần Thơ cho hay, thực tế trong quản lý thuế đối với doanh nghiệp kinh doanh vàng, bạc, đá quý (gọi tắt là vàng) cơ quan thuế chưa có biện pháp quản lý giá vốn mua vào, vì người dân đến bán vàng thường không có hóa đơn, doanh nghiệp tự lập bảng kê theo giá thị trường để tính giá vốn mua vào tương ứng, giá mua này thường tiệm cận giá bán đẫn đến giá trị tăng thêm thấp, thuế VAT phải nộp trong trường hợp này không đúng thực tế, dẫn đến thất thu thuế và sai quy định về hóa đơn chứng từ để làm căn cứ ghi vào sổ sách kế toán theo quy định. Quy định bắt buộc đối tượng này phải thực hiện hóa đơn điện tử từ máy tính tiền.

Theo Bộ Tài chính hiện nay không có cơ sở để đưa ra mức tỷ lệ đối với hoạt động kinh doanh mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý. Ngoài ra, doanh thu của hoạt động này rất lớn, theo đó, đề nghị giữ như dự thảo.

Trong khi đó, TP Hải Phòng đề xuất sửa đổi, bổ sung theo hướng trường hợp cơ sở kinh doanh có hoạt động mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng hoạt động này để nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên VAT. Nếu doanh nghiệp không hạch toán riêng được thì số thuế VAT đầu vào được khấu trừ được tính tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế VAT, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế VAT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra.

Trong đó, tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra bao gồm: doanh thu chịu thuế VAT, doanh thu không chịu thuế VAT, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế không hạch toán riêng được và chênh lệch dương (+) lũy kế của cả kỳ tính thuế (tháng/quý/năm dương lịch) giữa giá bán ra và giá mua vào của hoạt động mua bán, chế tác vàng,  bạc, đá quý.

Theo TP Hải Phòng, quy định trong dự thảo chưa bao quát được trường hợp diễn ra trong thực tế là: có một số doanh nghiệp thuộc đối tượng tính thuế VAT theo phương pháp khấu trừ thuế, có hoạt động mua bán, chế tác, sản xuất hàng trang sức từ vàng, bạc, đá quý áp dụng phương pháp tính trực tiếp trên VAT. Do đó, hiện tại đang phát sinh vướng mắc về việc tính số thuế VAT được khấu trừ của các hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ dùng chung cho hoạt động mua bán, chế tác, sản xuất hàng trang sức từ vàng, bạc và các hoạt động khác do các quy định hiện hành về thuế VAT không có hướng dẫn cụ thể.

Bộ Tài chính cho rằng, quy định như vậy sẽ rất phức tạp, khó khăn cho công tác quản lý. Do vậy, Bộ Tài chính đề nghị hoạt động kinh doanh, chế tác vàng, bạc, đá quý chỉ áp dụng 1 phương pháp trực tiếp.