2 năm ngồi tù, Dương Chí Dũng vẫn được nhận lương.
Theo quy định về quản lý tiền lương trong Bộ GTVT (ban hành năm 2011), đại diện Bộ GTVT nhấn mạnh, việc chi trả lương cho các chức danh lãnh đạo Cục trực thuộc Bộ do các Cục thực hiện, Bộ GTVT thực hiện việc nâng lương đối với các chức danh này theo quy định.
Khoảng thời gian 4 tháng Dương Chí Dũng bỏ trốn (từ ngày bị khởi tố - 17/5/2012 đến ngày bị bắt – 5/9/2012), Cục Hàng hải không thực hiện việc trả lương cho cựu Cục trưởng.
Bộ GTVT cũng khẳng định, trong năm 2012, 2013, Bộ không nâng lương đối với Dương Chí Dũng.