Từ ngày 1/7/2026, Luật Quản lý thuế 2025 chính thức có hiệu lực, trong đó quy định rõ 9 trường hợp cơ quan thuế được kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế. Quy định mới được kỳ vọng sẽ nâng cao hiệu quả quản lý thuế, đồng thời tăng cường giám sát đối với các doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro.

Theo luật, hoạt động kiểm tra sẽ tập trung vào các nhóm trường hợp cụ thể thay vì triển khai dàn trải như trước đây.

Đối với nhóm hoàn thuế, miễn giảm thuế, cơ quan thuế sẽ thực hiện kiểm tra các hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn hoặc kiểm tra sau hoàn thuế. Trong đó, thời gian kiểm tra sau hoàn có thể kéo dài tối đa 5 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế. Các hồ sơ đề nghị miễn, giảm hoặc không thu thuế của doanh nghiệp được đánh giá có mức độ rủi ro cao cũng thuộc diện giám sát chặt chẽ.

Nhóm thứ hai là các doanh nghiệp có biến động lớn về tổ chức và hoạt động. Cơ quan thuế có thể kiểm tra đối với doanh nghiệp đang thực hiện chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, cổ phần hóa, chuyển đổi loại hình hoạt động hoặc chuyển địa điểm kinh doanh. Các trường hợp ngừng hoạt động, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, giải thể hoặc phá sản cũng nằm trong diện kiểm tra theo quy định.

Bên cạnh đó, cơ quan thuế được quyền kiểm tra khi phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, khi doanh nghiệp thuộc kế hoạch kiểm tra định kỳ, chuyên đề hằng năm hoặc theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền.

Ngoài ra, trong quá trình giải trình hồ sơ khai thuế, xác minh thông tin hoặc xử lý khiếu nại, tố cáo liên quan đến nghĩa vụ thuế, đoàn kiểm tra có thể trực tiếp làm việc tại trụ sở doanh nghiệp để thu thập tài liệu và làm rõ các nội dung cần thiết.

Luật mới cũng nhấn mạnh việc bảo vệ quyền lợi của người nộp thuế. Doanh nghiệp có quyền cung cấp hồ sơ, giải trình, bảo lưu ý kiến chuyên môn và thực hiện khiếu nại, tố cáo hoặc khởi kiện nếu cho rằng quyết định hay hành vi của cơ quan chức năng chưa phù hợp quy định pháp luật.

Các chuyên gia khuyến nghị doanh nghiệp cần chủ động rà soát hệ thống kế toán, lưu trữ đầy đủ chứng từ, tăng cường quản trị rủi ro thuế và thường xuyên cập nhật quy định mới để hạn chế nguy cơ bị xếp vào nhóm rủi ro cao sau khi luật có hiệu lực.