Theo Kiểm toán Nhà nước, kết quả kiểm toán quyết toán giá trị phần vốn nhà nước tại thời điểm chính thức chuyển thành công ty cổ phần của Tổng công ty Lương thực miền Nam cho thấy: Một số đơn vị thuộc Công ty mẹ - Tổng công ty đối chiếu, xác nhận công nợ phải thu.

Cụ thể, nợ phải thu chưa đối chiếu tại Văn phòng Tổng công ty là 726,93 tỷ đồng (chiếm 20,68% nợ phải thu). Tỷ lệ đối chiếu phải thu khách hàng ngắn hạn: Công ty Lương thực Thực phẩm An Giang 45,85% (8,85 tỷ đồng/19,31 tỷ đồng); Công ty Lương thực Trà Vinh 76,69% (10,5/13,69 tỷ đồng); Công ty Nông sản Thực phẩm Tiền Giang 17,05% (2,57/15,1 tỷ đồng); Công ty Bột mì Bình Đông 75,43% (20,95/27,78 tỷ đồng); Trả trước cho người bán ngắn hạn Công ty Lương thực Trà Vinh 0,85% (0,02 tỷ đồng/2,68 tỷ đồng); Công ty Lương thực Tiền Giang: 10,61% (0,37/3,49 tỷ đồng); Công ty Lương thực Long An: 83,44% (1,22/1,47 tỷ đồng)...

Nợ phải trả chưa đối chiếu đầy đủ như nợ phải trả chưa đối chiếu tại Văn phòng Tổng công ty là 641,44 tỷ đồng; tỷ lệ đối chiếu phải trả người bán tại Công ty Lương thực Trà Vinh 71,7% (8,71/12,14 tỷ đồng)…

Bên cạnh đó, Công ty mẹ - Tổng công ty chưa xác định khoản tiền phạt chậm nộp liên quan đến tiền thu về cổ phần hóa các đơn vị thành viên 17,75 tỷ đồng; chưa nộp số dư Quỹ hỗ trợ sắp xếp doanh nghiệp tại 31/12/2017 và xác định lãi chậm nộp, báo cáo cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định lãi chậm nộp theo quy định.

UBND một số tỉnh, thành phố chưa có ý kiến về phương án sử dụng đất đối với 25 cơ sở nhà, đất của Công ty mẹ - Tổng công ty.

1 cơ sở nhà, đất và 1 thửa đất tại tỉnh Long An là cơ sở nhà, đất thửa số 10, đường tỉnh 825, ấp Sò Đo, thị trấn Hậu Nghĩa, huyện Đức Hòa, tỉnh Long An, diện tích 4.769 m2 và Thửa đất số 2 tại số 06 đường Cử Luyện, Phường 5, Thành phố Tân An, tỉnh Long An, diện tích 3.262 m2 chưa được Công ty mẹ - Tổng công ty lập, trình cơ quan có thẩm quyền phương án sử dụng đất khi cổ phần hóa.

Công ty mẹ - Tổng công ty xác định kết quả kinh doanh giai đoạn từ thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp đến thời điểm chính thức chuyển thành công ty cổ phần chưa chính xác, qua kiểm toán điều chỉnh giảm lợi nhuận sau thuế TNDN 4,72 tỷ  đồng.

Giá trị thực tế phần vốn nhà nước tại thời điểm chính thức chuyển sang công ty cổ phần giảm so với thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp tuy nhiên Công ty mẹ - Tổng công ty chưa báo cáo cơ quan đại diện chủ sở hữu để phối hợp với các cơ quan liên quan tổ chức kiểm tra, làm rõ nguyên nhân, xác định trách nhiệm tập thể, cá nhân và xử lý theo quy định.

Theo Báo cáo quyết toán vốn nhà nước số 150722.001/BCTV.KT, giá trị thực tế phần vốn nhà nước tại thời điểm chính thức chuyển sang công ty cổ phần giảm so với thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp là 162,47 tỷ đồng.

Kết quả kiểm toán xác định tăng giá trị thực tế vốn nhà nước tại thời điểm chính thức chuyển thành công ty cổ phần 32,6 tỷ đồng và kiến nghị tăng thu ngân sách nhà nước 21,92 tỷ đồng.